В века, последовавшие за Великим восстанием (см.) и восстанием Бар-Кохбы, главный центр еврейского религиозного творчества переместился из Страны Израиля в Вавилонию (современный Ирак). Именно в крупных вавилонских йешивах в городах Сура, Негардеа и Пумбе-дита появился канонический текст Талмуда (известный сегодня как Вавилонский Талмуд). С III в. лидеры вавилонских йешив именовались геоним (в ед. числе — гаон, слово, в современном иврите означающее «гений»). Геоним, духовные вожди вавилонского еврейства, отвечали на религиозные вопросы, ставившиеся всем еврейским миром, и контролировали назначение рейш-галута, политического лидера вавилонского еврейства.

За все пять веков существования института геоним лишь один из них не был родом из Вавилона: это египетский еврей Саадья бен Иосеф. В назначении выходца из Египта на пост главы йешивы в Суре отразился беспрецедентный авторитет, которым он пользовался. Саа-дья был не только самым знаменитым ученым своего времени, но и пламенным лидером, не отступавшим перед натиском противников. Саадья отказался поддержать правовые и финансовые распоряжения, которые сделал рейш-галута Давид бен Закай. Тот продолжал давить на Саадью, и в конце концов в еврейской общине возник серьезный раскол. Саадья назначил другого рейш-галута, а Давид бен Закай — другого гаона. Постепенно взаимные обвинения становились все более резкими и нелепыми. Например, противник Саадьи обвинил его в подкупе государственных чиновников в субботу (абсурдное обвинение). Только много лет спустя богатейший еврей Багдада банкир Бишр бен Аарон наконец сумел примирить их.

Но Саадья вошел в историю своими трудами, а не политическими битвами. Прославила его «Книга веры и мнений» — первым систематизированным философским объяснением иудаизма. То, что эта книга, созданная в X в., продолжает издаваться (английское издание вышло в Йельском университете) спустя десять веков после ее написания, свидетельствует о ее значении. Саадья также перевел Библию на арабский язык и составил молитвенник для евреев, говоривших по-арабски.

Известен Саадья и критикой караимов, еврейской секты, проповедовавшей библейский фундаментализм и притягивавшей к себе многих ортодоксальных евреев. Саадья попытался показать, что слишком буквальное понимание Торы делает ее установления зачастую бессмысленными. О масштабах последующей полемики можно судить по опубликованному в XIX в. сборнику «Караимские литературные оппоненты гаона Саадья», куда вошло 49 полемических трудов, направленных против того, в ком караимы видели своего главного оппонента среди евреев.
Заслуги Саадьи спустя два века после его смерти по достоинству оценил Рамбам. В своем «Йеменском послании» великий еврейский мыслитель писал: «Если бы не Саадья, Тора могла бы исчезнуть из среды евреев».