Священная и благородная мечеть является ярчайшим примером борьбы между палестинцами и израильскими оккупационными властями, так как это священное место для мусульман, с одной стороны, а также для сионистских оккупантов, с другой стороны, которые утверждают, что под мечетью находятся остатки их древнего храма.

Среди исследователей и специалистов в области исламской архитектуры стало известно, что здание мечети «Аль-Акса» в ее нынешнем виде является вторым, так как первая благословенная мечеть «Аль-Акса» была построена халифом Омаром бен аль Хаттабом (13–23 гг. хиджры (634–644 гг. х.э.)) из династии праведных халифов после исламского завоевания Иерусалима в 15 г. Хиджры (636 г. х.э.). Тогда в юго-восточной части священной территории построили крайне простое здание мечети. По-видимому, это здание мечети не могло долго противостоять природным стихиям и факторам. Поэтому при омейядах и было построено новое, нынешнее здание мечети «Аль-Акса».

Мечеть «Аль-Акса» состоит из большой центральной галереи, которую образуют мраморные колонны, протянувшиеся с севера на юг, и покрытая сводчатой крышей серого, свинцового цвета. В южной части она завершается величественным куполом полусферической формы, покоящейся на четырех каменных опорах, вверху которых находятся четыре каменных колонны, завершающиеся четырьмя треугольными опорами основания, на которое опирается горловина купола и сам купол.

Купол состоит из двух слоев (как и купол почитаемой Скалы) – внутреннего и внешнего. Внутреннюю часть купола украшают великолепные мозаичные украшения. А снаружи купол покрыт медными позолоченными пластинами (как и купол Скалы). Но в настоящее время они заменены свинцовыми листами в связи с ремонтными работами, проводимыми Комиссией по реконструкции «Куббат ас-Сахра» и благословенной мечети «Аль-Акса».

Обе стороны центральной галереи – западную и восточную окружают по три галереи каждую, расположенных параллельно и меньших по высоте. Что касается галерей, расположенных в западной части, то они покрыты сводчатыми прерывистыми кровлями, которые покоятся на каменных арках и опорах, сооруженных в эпоху мамлюков. Восточная часть покрыта бетонной крышей, опирающейся на каменные колоны и арки. Их ремонт и восстановление произвел Высший Исламский Совет (1938–1943).

В мечеть «Аль-Акса» ведут семь дверей, расположенных в северном фасаде мечети, каждая из которых ведет в одну из семи галерей, заканчивающихся в противоположной стороне. Кроме этих семи дверей имеются другие двери – по две в западной и восточной стенах мечети и одна в южной стене, которые были сделаны позднее.