Португалия, в отличие от других христианских стран, предоставила евреям автономию. Они проживали в кварталах, называемых «иудерия», за пределами которых обязаны были носить на груди «клеймо позора», т. е. шестиугольный кусок желтой ткани. Изгнанных из Испании евреев численностью около 60 000 временно приняли в Португалии после уплаты восьми крусадос за душу. Однако после ужасающих преследований евреев в Испании португальский король Мануэль издал приказ, предписывающий евреям покинуть Португалию до 1 ноября 1497 г. или принять крещение. Детей до 14 лет крестили насильно, а в Лиссабоне король повелел всем евреям принять католическую веру. После того как большинство из них не подчинилось, он приказал крестить их силой. 1511 г. в Португалии ввели трибуналы инквизиции, тысячами отправлявшие на костры евреев. Инквизицию в Португалии официально упразднили только в 1821 г.