Хорошо организованные немецкие города не стали постоянным пристанищем для преследуемых крестоносцами евреев, которые имели право заниматься только мелкими ремеслами и ростовщичеством. После первого Крестового похода еврейские поселенцы переместились из Германии в Австрию и Чехию, где в Праге уже давно существовала еврейская община. о второй половине XII в. евреи были уже в западной Польше. Поначалу, как иностранцы, они находились в Германии под защитой закона, но по мере того как евреи все чаще обращались к императору, его власть над ними распространилась в пределах всего государства, и евреи стали «собственностью императора». Император, в свою очередь, мог передать свои полномочия третьему лицу, например, епископу или феодалу, и тот получал право обращаться с евреями по своей воле. Император КарлIV своей «золотой буллой» в 1356 г. отказался от своих преимуществ в пользу семи князей-электоров, передав им права монарха, а также власть над евреями и их доходами. естфальский договор (1648) передавал права князей всем территориальным правителям, таким как епископы и аббаты, а также городским советам; под действие договора попадали и евреи, поселившиеся на данной территории.

Обвинения евреев в «ритуальных убийствах» начались в первой половины XIVb. 1298 г. в городе Реттингер (Бавария) евреев обвинили в краже и осквернении гостии (облатки).[32] Начались грабежи и истребления евреев. Матери-еврейки убивали собственных детей, а мужья – жен, чтобы те не стали жертвой толпы. Хроники сообщают, что тогда погибли 100 тысяч евреев. Уцелели только общины в Аугсбурге и Регенсбурге (благодаря заступничеству горожан). Конец преследованиям положил император Альбрехт I.

1337 г. баварский князь объявил своим городам о желании «сжечь и истребить наших евреев». Преследования перекинулись в австрийские, чешские и моравские края. Уцелели лишь венские евреи. Истребление евреев достигло таких размеров, что папа Бенедикт XII велел пассаускому епископу разобраться и наказать виновных.

Вина за «черную смерть» (эпидемию чумы) 1348 г., во время которой умерло множество людей, была возложена на евреев, как это не раз бывало и в других странах. Страсбурге и во всех прирейнских городах евреев сжигали – по судебному приговору или без суда. Еврейские хроники описывают ужасающие сцены в ормсе, Кельне и Франкфурте. Карл IV грамотой от 25 июня 1349 г. уступил евреев магистрату Франкфурта за 15 200 рейнских талеров, вместе со всем их имуществом, синагогами и т. д. Император писал: «Ежели бы эти евреи по причине смерти отошли, были убиты, уничтожены или покинули город, в таком случае ни магистрат, ни народ Франкфурта не был бы привлечен к ответственности». виду расширяющейся эпидемии возросла религиозность народа. Толпы кающихся флагеллантов («бичующихся» в массовых покаянных процессиях) множились день ото дня и переходили из города в город. Преступные элементы из толпы подбивали жителей на грабежи и убийства евреев. Те стали массами уходить из Германии и селиться на востоке, особенно в Польше, где в то время властвовал благосклонный к ним Казимир Великий. Однако и здесь происходили погромы. 28 мая 1349 г. во роцлаве погибло свыше шестидесяти семей и всего восемь избежало смерти. Погромы в швабских городах начались в 1384 г. Городской сброд в Нордлингене перебил всех евреев. Император за плату в несколько тысяч рейнских золотых освободил членов магистрата Нордлингена от вины и наказания по делу об убитых и ограбленных евреях. Вопреки протестам швабских городов он приказал принять этот кровавый город в их союз.

Изо всей Германии евреев не изгнали, так как она была союзом разрозненных территориальных единиц, благодаря чему евреи могли переходить из одного края в другой, более к ним терпимый.

Уже со времени «черной смерти» не было евреев в Швейцарии и Швабии. 1421 г. их сжигали на кострах в Вене. 1426 г. изгнали из Кельна, в 1435 – из Шпейера, в 1438 – вторично из Майнца, в 1439 – из Аугсбурга, в 1450 – из всей Баварии (кроме имперских городов), в 1454 – из роцлава, Брно и Оломоуца, в 1458 – из Эрфурта, в 1489 – из юрцбурга, в 1493 – из Магдебурга и т. д. 1496 г. император Максимилиан изгнал всех евреев из своих наследственных владений. Под конец Средних веков в Германии остались лишь немногие еврейские общины, такие как франкфуртская, вормская и остатки общины в Регенсбурге, а также в чешской Праге.