Естественные науки прогрессировали, и на протяжении этого времени появлялось все больше фактов, которые полностью противоречат пониманию «Шестоднева». Достаточно сильный удар креационизм получил после появления теорий Ч. Дарвина, в особенности после того, как он предложил механизм естественного отбора.

В девятнадцатом веке в христианских конфессиях появились иные подходы к концепциям и научным фактам. Фундаменталисты решили их игнорировать, но все равно они были в меньшинстве. Например, теологи выдвинули тезис, что наш мир сотворился не за один день, этот процесс мог длиться миллионы лет. В Католической церкви создали концепцию первичного атома, по воле Божьей из него появилась Вселенная. Появление жизни пока что не было обусловлено научно. Но намного больше споров вызывает факт появления человека. Идея креационизма, в общем, предполагает, что абсолютно все живые существа появились одновременно, и она полностью отрицает эволюцию.

Современная теория эволюции утверждает, что человек был создан отдельно, и он никак не мог появиться от обезьяноподобных предков. Пока что наука не может дать убедительного ответа относительно происхождения человека и земли. В 1990 году достаточно большую популярность получил модифицированный креационизм. Данная концепция отличается от обычного креационизма лишь тем, что личность творца никак не отожествляется определенно с Богом какой-либо религии. Эта теория появилась в США, когда изучались противоречия теории эволюции Дарвина. Ученые исходили от теологических доказательств Бытия Божьего и все сторонники интеллигентного дизайна придерживаются к сообществу, которое утверждает, что жизненные органы и живые организмы являются «системой, которую нельзя улучшить», чтобы не нарушить её естественную работу. Учитывая это, они пришли к выводу, что ни один естественный отбор не смог бы сформировать столь сложную систему из случайных мутаций, отталкиваясь от естественного отбора. По этой причине разумно утверждать, что все живые организмы Творец создал разумно.